1989 m. atidarytas Joniškio meno mokyklos Žagarės filialas, kuriame veikė fortepijono ir akordeono klasės. Buvo priimti 24 būsimieji muzikantai. Kiekvienais metais muzikos mokyklą papildė vis naujas jaunųjų muzikantų būrys. Po keleto metų atidaryta ir pučiamųjų klasė. 2003 m. atidarytas dailės skyrius. Žagarės filiale dirba 5 mokytojai: Irena Stripinienė – vyresnioji mokytoja (solfedžio, fortepijonas), Diana Blinovienė – vyresnioji mokytoja (fortepijonas), Algerdas Mintvydas – vyresnysis mokytojas (trimitas, trombonas), Rita Eidukienė – mokytoja metodininkė (akordeonas, solfedžio, muzikos istorija, vokalinis ansamblis), Orinta Orlickienė – vyresnioji mokytoja (dailė). Skyriaus mokiniai aktyviai dalyvauja festivaliuose, konkursuose. Mokykla tapo kultūros židiniu Žagarės miesto visuomenei. Jau tradiciniais tampa koncertai – parodos visuomenei „Skambantis pavasaris“, „Polifonija ir aš“, šeimyninių ansamblių konkursas – šventė „Šeimos gaida“. Kasmet meno mokyklos mokiniai kviečiami į dviejų dienų kūrybinę stovyklą „Menučių naktis“. Vyksta rudens meno šventės, kurių metu mokiniai mokyklos teritoriją puošia žemės meno kūrinėliais.